Фамилия Кожахан — не типичная русская фамилия с суффиксами -ов или -ин, а цельное родовое имя, напрямую восходящее к восточному мужскому имени Кожахан. Уже в этом её отличие: она сохранилась без привычного для славянского уха оформления, что указывает на тюркские или ирано-тюркские корни семьи.

Имя Кожахан составное. Первая часть восходит к слову «ходжа» (или «кожа» в тюркской передаче). С древнеиранского «ходжа» переводится как «господин, наставник», а в персидском языке у него целый веер значений: хозяин, учитель, богатый купец. В текстах XIII–XIV веков, особенно в среднеазиатских хрониках, «ходжа» чаще всего обозначала чиновника или крупного землевладельца. Вторая часть имени — «хан» — с древнетюркского означает «правитель, повелитель». Складывая смыслы, получаем «господин повелитель» — имя-титул, подчёркивающее высокий статус.

Интересно, что фамилия Кожахан не получила типичного для многих тюркских фамилий оформления через компонент -оглы (то есть «сын Кожахана»). Это значит, что в какой-то момент имя закрепилось как родовое прозвище в неизменной форме — возможно, в среде, где фамилии ещё не стандартизировались по русскому образцу. Такие случаи характерны для казахов, башкир, татар и народов Кавказа, где фамилии на -хан не редкость.

Поскольку фамилия не имеет славянского суффикса, её носители, скорее всего, происходят из тюркоязычной или ираноязычной среды — из регионов Средней Азии, Поволжья или Казахстана. Предок, носивший имя Кожахан, мог быть и духовным наставником, и местным правителем, и зажиточным торговцем. Точнее сказать без генеалогического исследования трудно, но одно ясно: фамилия звучная и статусная, и в ней слышна многовековая традиция восточной антропонимии.