Фамилия Кожахина — женская форма фамилии Кожахин, и её разбор стоит начать с неочевидного: суффикса -их-. В русской ономастике это один из самых редких и территориально привязанных патронимических суффиксов. Если фамилии на -ов/-ев и -ин покрывают бóльшую часть России, то фамилии на -их/-ых (Кожевниковых, Седых) типичны для северных и центральных областей, особенно для бывших новгородских земель. Суффикс -их- указывает на принадлежность к роду: Кожахин буквально значит «из семьи Кожаха». Сама же основа Кожах — это, скорее всего, не имя, а прозвище или производное от него.

Корень «кож-» сразу вызывает ассоциацию с кожей, кожевенным ремеслом. Однако прямой переход «кожевник → Кожах → Кожахины» неочевиден: суффикс -ах- в русских прозвищах встречается редко, чаще он характерен для тюркских языков. В словаре Б. Унбегауна есть указание на то, что фамилии с элементом «кож-» могли возникать от тюркского слова «кожа» (господин, учитель, духовное лицо), которое через посредство казахского или татарского языков проникло в русскую среду. Таким образом, Кожах может быть адаптацией тюркского имени или прозвища Кожа, а добавление -ах- — народной переделкой, характерной для южнорусских и казачьих говоров.

Спор между ремесленной и тюркской версиями решается в пользу второй — по нескольким причинам. Во-первых, фамилия Кожахина встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, в зоне активных русско-тюркских контактов. Во-вторых, если бы основа была чисто русской («кожа»), мы ожидали бы фамилию Кожин или Кожевников — они гораздо распространённее. Кожахин же — редкий вариант, что указывает на локальное и, вероятно, этнически смешанное происхождение.

Социально предки носителей фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми «по прибору» — казаками или стрельцами, которые несли службу на южных и восточных границах Московского государства. В переписных книгах XVII века фамилии на -их/-ых часто фиксировались именно за такими группами. Письменные источники по фамилии Кожахина скудны: в открытых базах данных она встречается с XVIII века в документах Симбирской и Оренбургской губерний. Это подтверждает её привязку к региону, где тюркские и русские традиции смешивались особенно плотно.