Фамилия Кожалиева — редкий пример, где женская форма оказалась едва ли не известнее мужской, хотя по правилам русского языка исходной является мужская — Кожалиев. Её основа — тюркское имя или прозвище Кожали. В нём угадывается слово «кожа» (в тюркских языках — «хозяин», «господин», «наставник», а также почтительное обращение к старшему), соединённое с аффиксом принадлежности -ли. Таким образом, Кожали — это «имеющий господина» или «принадлежащий к роду ходжи», то есть потомка пророка или духовного лица. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: основа от казахского или киргизского «кожала» — разновидность растения или топоним, но тогда фамилия получила бы значение «житель местности Кожала».

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на -й. Фамилия Кожалиев типична для тюркоязычных народов, принявших русскую модель фамилий через присоединение патронимического суффикса. Географически носители фамилии Кожалиева чаще всего встречаются среди казахов, киргизов и каракалпаков, реже — у татар и башкир. Встречается написание с одной «л» — Кожалиев, что может быть результатом упрощения при записи в документах.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ев, которые образованы от имён типа Кожа (Кожаев), здесь мы видим более сложную основу с аффиксом -ли, что сближает её с фамилиями-прилагательными вроде Акмоллиев или Сарыбаев. Это говорит о том, что прозвище Кожали было не просто именем, а характеризующим признаком — «тот, кто из рода ходжей» или «тот, у кого есть покровитель». Социально предки носителя фамилии могли принадлежать к духовному сословию или быть уважаемыми старейшинами, хотя со временем фамилия закрепилась и за людьми, не имевшими прямого отношения к религии.