Фамилия Кожамуратова — яркий пример тюркского именования, перешедшего в русскую фамильную форму. Её основа — составное мужское имя Кожамурат, очень распространённое у казахов, каракалпаков, отчасти у башкир и татар. Первая часть, «Кожа» (или «Ходжа»), восходит к арабскому слову со значением «господин», «хозяин», «наставник» — в исламской среде так называли потомков пророка или просто уважаемых, грамотных людей, часто учителей и купцов. Вторая часть, «Мурат», тоже арабского происхождения, означает «желанный», «цель», «стремление». Вместе имя Кожамурат можно перевести как «господин, который является желанным» или «уважаемый Мурат», но в бытовом понимании это просто два популярных компонента, слившиеся в одно имя.

Женский вариант фамилии — Кожамуратова — образован по стандартной русской модели: к основе мужской фамилии Кожамуратов добавили окончание -а. Сама же мужская фамилия Кожамуратов строится с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов, который в XIX–XX веках массово присоединяли к тюркским именам при оформлении документов. Это значит, что предок носительницы фамилии, скорее всего, был записан в метрике или ревизской сказке как «Кожамуратов сын» — то есть сын человека по имени Кожамурат.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Западному Казахстану, Актюбинской и Кызылординской областям, а также к прилегающим районам России — Астраханской и Оренбургской областям, где исторически велика доля казахского населения. Встречается она и у ногайцев. Фамилия относительно редкая: в базах данных российских телефонных справочников и соцсетей она насчитывает не более нескольких сотен носителей, что говорит о её локальном, а не общероссийском бытовании.

Интересная деталь: написание через «о» в первом слоге — Кожамуратова — закрепилось в русской орфографии, хотя в оригинальном тюркском произношении первый гласный ближе к «о» или даже к «у» (как в «хожа»). Встречаются варианты Кожамуратов, Кожамуратова, а также единичные случаи написания через «а» — Кажамуратов, но это уже искажение при записи. С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с такими же составными тюркско-русскими фамилиями, как Кожабергенов, Муратбеков, Куандыков, где первая часть — имя или статус, вторая — имя, а суффикс — русский.