Фамилия Кожуся — одна из тех, где сразу видна модель образования, но не сразу ясен исходный смысл. Её основа — «кожух», слово, которое в русских говорах имело два основных значения. Первое и самое известное — тулуп, полушубок из овчины, то есть короткая верхняя одежда мехом внутрь. Второе, более узкое и ремесленное — кожаный футляр, чехол, например, для ружья или меча, а также верхний слой чего-либо (в технике и строительстве). Соответственно, прозвище Кожух могли дать либо тому, кто постоянно ходил в таком тулупе, либо скорняку или портному, который эти кожухи шил.

Ключевая особенность фамилии — суффикс «-ся». В русской ономастике это нестандартное окончание. Чаще всего оно встречается в украинских или белорусских фамилиях, где выполняет роль, схожую с русским суффиксом «-енко» (сын такого-то). То есть Кожуся — это «сын Кожуха» или «маленький Кожух». В польской традиции похожий суффикс «-ся» (Kozusia, Kosiura) тоже указывал на происхождение от прозвища. Таким образом, географически фамилия скорее всего западнорусская или малороссийская (украинская), а её носители — потомки человека по прозвищу Кожух.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительную информацию. Есть распространённая фамилия Кожухов (с русским суффиксом принадлежности) и Кожухарь (с суффиксом профессии). Кожуся стоит особняком: она короче, звучит более фамильярно и явно несёт отпечаток той языковой среды, где прозвища легко превращались в фамилии через уменьшительные или патронимические формы без дополнительных суффиксов. В документах XVII–XVIII веков на территории современной Украины и Беларуси фамилии на «-я» встречаются регулярно, что подтверждает эту версию.

Версия о том, что основа могла быть связана со словом «кожа» (кожевник, дубильщик), маловероятна. От «кожи» образованы фамилии Кожин, Кожевников, а «кожух» — это самостоятельное производное, уже с суффиксом «-ух». Поэтому предок носителя фамилии Кожуся — не просто кожевник, а либо портной-скорняк, специализировавшийся на овчинных тулупах, либо человек, получивший прозвище за любовь к такой одежде.