Фамилия Кожуев образована от прозвища Кожуй, а тот, в свою очередь, от слова «кожух». В древнерусском языке кожухом называли не только тулуп или полушубок из овчины, но и кожаный мешок, чехол, а также верхнюю одежду вообще. Прозвище Кожуй мог получить либо скорняк, выделывающий кожу, либо мастер по шитью кожухов, либо человек, который постоянно носил такую одежду и ассоциировался с ней у окружающих.

Словообразовательная модель проста: к основе «Кожуй» добавили типичный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «чей?» — Кожуев, то есть сын Кожуя. Форма без -ов- (Кожуев, а не Кожухов) говорит о том, что прозвище имело краткую форму на -уй, а не на -ух. Встречается и вариант Кожухов, но он образован от другой основы — Кожух, что по смыслу то же самое. Обе фамилии однокоренные и нередко путаются в документах.

Географически фамилия Кожуев тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к бывшим Курской, Орловской, Тамбовской губерниям. Там кожевенное и скорняжное ремесло было распространено повсеместно, и прозвища по профессии давали легко. Встречается фамилия и у донских казаков, что неудивительно: в казачьей среде прозвища часто закреплялись по роду занятий.

Спорных версий происхождения немного. Иногда Кожуева пытаются связать с тюркским словом «кожу» (глаз) или «козу» (ягнёнок), но это маловероятно: фамилия органично вписывается в русскую словообразовательную модель, и для тюркской гипотезы нет убедительных исторических подтверждений. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» такие прозвища рассматриваются в ряду профессиональных, без экзотических толкований.

Таким образом, предок носителя фамилии Кожуев с большой вероятностью был ремесленником, работавшим с кожей или мехом, либо просто человеком, которого выделяла меховая одежда. Фамилия недворянская, крестьянская или посадская, и её значение прозрачно для любого, кто знает слово «кожух».