Фамилия Кожухов образована от прозвища Кожух. В основе — название верхней одежды из овчины или меха, тулупа. Прозвище могли дать по ремеслу: скорее всего, Кожухом называли портного или скорняка, который шил такие кожухи. В ономастических источниках, в частности у Степана Веселовского, встречаются ранние упоминания: Иван Григорьевич Кожух Кроткого, дьяк (1557 год), и Иван Александрович Кожухов (1505 год, Волок Ламский). Эти записи показывают, что прозвище бытовало уже в XV–XVI веках, причем не только среди ремесленников, но и среди служилых людей. Фамилия образована по стандартной модели на -ов, означающей принадлежность: сын Кожуха. Есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых говорах «кожух» могли называть человека с грубой, «толстокожей» внешностью или упрямым характером, но профессиональное толкование остается основным. Географически фамилия чаще встречается в центральных областях России, что согласуется с ранним упоминанием на Волоке Ламском.