Фамилия Кожуховы образована от прозвища родоначальника — Кожух. Это прозвище, скорее всего, относилось к «профессиональным» именованиям: кожухом на Руси называли тулуп из овчины, а значит, Кожухом могли прозвать портного, который такие тулупы шил. Фамилия закрепилась за потомками по стандартной для русской ономастики модели: к основе на твёрдый согласный добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Кожухов).

Интересно, что у слова «кожух» было и другое, бытовое значение — верхняя тёплая одежда вообще, а в южных говорах так называли даже полушубок без рукавов. Поэтому прозвище мог получить не только портной, но и человек, который постоянно носил такой тулуп, — например, ямщик или сторож. Впрочем, версия с ремеслом выглядит убедительнее: профессиональные прозвища чаще закреплялись как фамилии.

Географически фамилия Кожуховы встречается в разных областях России, но заметный след оставила в среде донского и кубанского казачества — там слово «кожух» было в ходу до XX века. Сравните с однокоренными фамилиями: Кожухарь, Кожушный, а также Кожевников — все они отсылают к обработке кожи или шитью из неё, но Кожухов стоит особняком, потому что исходное слово означало уже готовое изделие, а не материал или процесс.

Точное время появления фамилии Кожухов установить трудно: фамилии у крестьян и ремесленников складывались долго, часто окончательно оформляясь только в XVII–XVIII веках. Но само прозвище древнее — слово «кожух» фиксируется в памятниках восточнославянской письменности с XI–XII веков.