Фамилия Кожухин образована от прозвища Кожуха, которое, скорее всего, указывало на род занятий предка. В основе лежит слово «кожух» — так в старину называли тулуп из овчины или полушубок мехом внутрь. Человек с таким прозвищем, вероятно, был скорняком или портным, который шил кожухи. Прозвище закрепилось за главой семьи, а его потомки стали Кожухиными.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Кожухин — это «сын Кожухи» или «из семьи Кожухи». Такая модель была особенно распространена в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин часто образовывались от прозвищ, оканчивающихся на -а.

В говорах слово «кожух» имело и другие значения. Например, в некоторых регионах так называли верхнюю одежду из кожи, а в переносном смысле — человека крепкого, плотного, «закутанного» в шубу. Однако профессиональная версия выглядит более убедительной: прозвища по ремеслу давали гораздо чаще, чем по внешнему сходству с вещью.

Фамилия Кожухин встречается в разных регионах, но особенно характерна для южнорусских областей — Курской, Воронежской, Ростовской, где овчинное дело было развито. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией, что говорит о её давнем бытовании в непривилегированных сословиях.

Интересно, что фамилия не перешла в форму Кожухов — это указывает на то, что прозвище исходно звучало именно как «Кожуха», а не «Кожух». В русской ономастике такие пары (Кожухин — Кожухов) различаются именно по типу суффикса и часто указывают на разную диалектную основу.