Фамилия Кожухины образована от прозвища Кожуха, которое, скорее всего, относилось к «профессиональным» именованиям. Кожухой на Руси называли портного, который шил кожухи — тулупы из овчины. В этом случае род занятий предка стал основой для фамилии его потомков.

Если копнуть глубже, слово «кожух» имело и другие значения. В некоторых говорах кожухом называли не только верхнюю одежду, но и кожаный мешок, чехол или даже кожаную оболочку. В переносном смысле прозвище Кожуха могло закрепиться за человеком, который постоянно носил такой тулуп, не снимая, или за тем, кто торговал кожаными изделиями. Встречается и версия, что прозвище давали человеку с грубой, «кожаной» внешностью, но она менее правдоподобна: в основе фамилий чаще лежит профессия или предмет обихода, чем метафора.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Кожухин — сын Кожухи. Такая модель характерна для фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а или -я. В этом смысле Кожухины стоят в одном ряду с Пушкиными, Голицыными или Репиными.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно. Процесс формирования фамилий был длительным, и Кожухины могли появиться в разных регионах независимо друг от друга. Однако стоит обратить внимание на географию бытования. Фамилия встречается в центральных областях России, но заметно чаще — на юге и юго-западе, в частности в Курской, Воронежской и Белгородской областях. Это косвенно подтверждает связь с овчинным промыслом: в этих краях овцеводство было развито сильнее, чем на севере.

В исторических документах фамилия встречается с XVII века. Например, в писцовых книгах упоминаются крестьяне Кожухины из разных уездов. Среди однокоренных фамилий — Кожухов, Кожушкин, Кожухарь. Кожухов, к примеру, образован от той же основы, но через суффикс -ов, что говорит о чуть иной модели: если Кожухин — «сын Кожухи», то Кожухов — «сын Кожуха». Разница в окончании прозвища-основы, но суть одна: предок был связан с кожухом.