Фамилия Кожухановы (в документах чаще встречается в форме мужского рода — Кожуханов) ведет начало от прозвища Кожухан. В основе этого прозвища лежит слово «кожух» — так в старину называли тулуп из овчины, крытый сукном, или просто длинный меховой полушубок. Скорее всего, Кожуханом прозвали мастера, который такие кожухи шил, — скорняка или портного, работавшего с овчиной. В отличие от фамилий на -ин (вроде Кожухов), модель на -анов встречается реже и может указывать на то, что прозвище было образовано с помощью уменьшительного или пренебрежительного суффикса -ан: Кожухан — «малый кожух» или «тот, кто с кожухом возится».

Фамилия эта — не аристократическая, а крестьянская или посадская. В XVI–XVII веках кожухи носили все сословия, от бояр до крестьян, так что спрос на таких мастеров был постоянный. Прозвище Кожухан могло закрепиться и за человеком, который сам носил характерный кожух, не снимая его, — этакий «человек в тулупе».

Точное место возникновения фамилии не установлено, но по говорам и географии слова «кожух» можно предположить южнорусские или центральные области, где овчинное дело было особенно развито. Встречаются однокоренные фамилии: Кожухов, Кожуховский, Кожухарь. Фамилия Кожуханов — одна из тех, что хранят память о будничном ремесле, без которого не обходилась ни одна деревня.