Фамилия Кожуханов — одна из тех, что прямо указывают на занятие предка. В её основе лежит прозвище Кожухан, которое давали мастеру, шившему кожухи. В старину кожухом называли не любую кожаную одежду, а именно тулуп из овчины, мехом внутрь. Портные, специализировавшиеся на такой тёплой и грубой одежде, были востребованы в крестьянском и ремесленном быту, особенно в северных и центральных губерниях России, где долгие зимы делали овчинный тулуп предметом первой необходимости.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ан образовывал прозвища от названия предмета или действия (сравните: «шубан» — скорняк, «кафтан» — портной по кафтанам). Позже к этому прозвищу добавился стандартный патронимический суффикс -ов, что значит «сын Кожухана». Таким образом, Кожухановы — это потомки человека, который в XVI–XVII веках числился в окладных книгах или переписях как Кожухан, то есть имел профессиональное прозвище, закрепившееся за его семьёй.

Интересно, что слово «кожух» в русских говорах имело и другие значения: так иногда называли нагольную шубу без покрытия, а в некоторых южных диалектах — просто полушубок. Однако ремесленная основа прозвища остаётся главной версией. Менее вероятно, но не исключено, что Кожуханом могли прозвать человека за привычку постоянно носить один и тот же кожух, не снимая, — то есть прозвище могло быть не профессиональным, а бытовым, по характерной детали одежды. Но приоритет у «ремесленной» гипотезы: в русской ономастике прозвища от названий предметов одежды чаще давались именно мастерам, а не заказчикам.

Фамилия Кожуханов встречается не повсеместно, а имеет выраженную географическую привязку. По данным современных исследований, она типична для регионов Среднего Поволжья и Урала — особенно для Татарстана, Башкортостана и Оренбургской области. Это объясняется тем, что в XVII–XIX веках в эти края активно переселялись крестьяне и ремесленники из центральных губерний, в том числе портные и скорняки. Встречаются Кожухановы и среди казачества, где прозвища, связанные с одеждой, тоже были распространены.

В написании фамилия устойчива: вариант с одной буквой «н» (Кожуханов) закрепился как норма, хотя в редких дореволюционных записях можно встретить двойное «н» — Кожуханнов, но это скорее описка писаря, чем особая ветвь рода. По сословной принадлежности Кожухановы в основном были государственными крестьянами или ремесленниками, в дворянские роды эта фамилия не входила. В советское время она не потерялась, но осталась сравнительно редкой — её носителей насчитывается не более нескольких тысяч человек, большинство из которых до сих пор живут в Поволжье.