Фамилия Кожухарёв — классический пример того, как прозвище, данное по ремеслу, со временем превратилось в родовое имя. В её основе лежит прозвище Кожухарь. Так в старину называли мастера, который шил «кожухи» — тёплую верхнюю одежду из овчины, тулупы. Это «профессиональное» прозвание было понятно каждому: Кожухарь — тот же скорняк или шубник, но с более узкой специализацией. Впрочем, не исключено, что прозвище мог получить и человек, который просто постоянно носил такой тулуп, но эта версия менее вероятна.

Суффикс -арь в слове «кожухарь» типичен для названий лиц по роду занятий (сравните: пекарь, псаломщик, звонарь). Сама же фамилия образовалась по стандартной модели: к основе Кожухарь добавили притяжательный суффикс -ёв (фонетический вариант -ев после мягкого согласного), отвечающий на вопрос «чей?». Таким образом, Кожухарёв — это буквально «сын Кожухаря», потомок мастера по кожухам.

Имя Кожух встречается в исторических документах как самостоятельное прозвище. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминается дьяк Иван Григорьевич Кожух Кроткого (1557 год) и Иван Александрович Кожухов (1505 год). Эти записи показывают, что корень был распространён в среде служилых людей и дьячества. Фамилия Кожухарёв, в отличие от более простой Кожухов, могла указывать не просто на внешнюю черту («носящий кожух»), а именно на профессиональную династию.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где слово «кожух» было особенно употребительно. Встречается она и у казачества, что логично: в походных условиях мастер по починке и шитью тёплой одежды был человеком нужным и заметным. Так что предки современных Кожухарёвых с высокой долей вероятности были ремесленниками, чьё дело передавалось от отца к сыну, пока само занятие не закрепилось в фамилии.