Фамилия Кожухарёв происходит от прозвища Кожухарь. Скорее всего, так называли мастера, который шил тулупы из овчины, то есть «кожухи». Ремесло было ходовым на Руси, и прозвище легко закреплялось за человеком. Со временем оно легло в основу фамилии, а суффикс -ёв указал на принадлежность: «чей?» — Кожухарёв, то есть сын или потомок Кожухаря.

Сама основа «кожух» встречается в древнерусских документах. У историка Степана Веселовского упоминаются: дьяк Иван Григорьевич Кожух Кроткого (1557 год) и Иван Александрович Кожухов (1505 год). Это показывает, что прозвище было в ходу уже в XVI веке, а значит, и фамилии на его основе могли сложиться довольно рано.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать на последний слог — Кожухарёв, а не Кожухарев. Это характерно для фамилий, образованных от названий профессий с суффиксом -арь: скорняк — Скорняков, гончар — Гончаров. В данном случае исходное слово «кожухарь» дало именно такую модель.

Точное место возникновения фамилии назвать сложно. Носители Кожухарёвых встречаются в разных регионах, но чаще — в южнорусских и украинских землях, где овчинное ремесло было особенно развито. Окончательно говорить о времени и месте происхождения можно только после серьёзного генеалогического исследования по конкретной ветви.