Фамилия Кожухаренко — типичный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс (в уменьшительно-патронимическом значении «сын» или «потомок») в XVI–XVII веках закрепился на землях современной Украины и вытеснил более архаичные русские окончания -ов/-ев. Таким образом, Кожухаренко буквально означает «сын Кожухаря».

В основе фамилии лежит прозвище Кожухар. Скорее всего, оно относится к числу так называемых «профессиональных» именований, связанных с родом занятий предка. Вероятно, Кожухаром называли портного, который шил «кожухи», то есть тулупы из овчины. На Украине и юге России кожух был не просто верхней одеждой, а символом достатка и зимней необходимости — шили его из овчины мехом внутрь, часто крыли сукном. Мастер, выделывавший овчины и кроивший такие тулупы, занимал заметное место в деревенском быту.

Позже прозвище Кожухар, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. В отличие от русских фамилий на -ов (Кожухаров), украинская форма на -енко указывает на более позднюю фиксацию фамилии и на происхождение рода с территории, где действовали казацкие реестры и метрики Речи Посполитой. Встречаются и однокоренные варианты: Кожухарь, Кожухарчук, а также белорусская форма Кожухаревич. Все они ведут начало от одного ремесла, но расходятся в суффиксах, указывающих на разные регионы и эпохи закрепления фамилии.