Фамилия Кожухарова происходит от мужского прозвища Кожухар, которое указывало на профессию предка. В основе лежит славянское слово «кожух» — так называли тулуп из овчины. Суффикс -ар в русских прозвищах и фамилиях традиционно обозначал человека по роду занятий (сравните: бондарь, пекарь, псарь). Поэтому Кожухаром, скорее всего, называли мастера, который шил овчинные тулупы. Менее вероятно, но тоже возможно, что так именовали скорняка, выделывавшего кожу, или торговца кожаными изделиями.

Слово «кожух» в древнерусском языке имело и более широкое значение — не только одежда, но и чехол, покрытие, футляр. Однако в основе прозвища, давшего фамилию, закрепилось именно «овчинный тулуп»: это подтверждается и тем, что однокоренные именования встречаются в исторических актах. У С. Б. Веселовского в «Ономастиконе» упомянуты: дьяк Иван Григорьевич Кожух Кроткого (1557 год) и Иван Александрович Кожухов (1505 год, Волок Ламский). Прозвище Кожух — более древняя форма, а Кожухар — его производное, образованное по той же модели, что и названия ремесленников.

Фамилия Кожухарова — женская форма от Кожухаров. Она закрепилась за потомками человека, которого в быту называли Кожухаром. Со временем прозвище перестало напоминать о ремесле и стало наследственным семейным именем. В отличие от многих «профессиональных» фамилий на -ов, которые широко распространены по всей России, фамилия Кожухаров встречается заметно реже. Её географическое ядро — южные и центральные области России, а также Украина, где слово «кожух» в значении «тулуп» было особенно употребительно в быту. Таким образом, фамилия Кожухарова хранит память о конкретном ремесле — скорняжном или портняжном деле, которым занимался основатель рода.