Фамилия Кожухаров образована от прозвища Кожухар. В основе лежит слово «кожух» — так в старину называли тулуп из овчины, полушубок, а также верхнюю одежду из кожи. Соответственно, кожухаром называли мастера, который шил кожухи, либо торговца такой одеждой. Это типичная «профессиональная» фамилия, каких много в русском ономастиконе: Скорняков, Шубников, Тулупов.

Модель образования проста и прозрачна: основа «кожухар» плюс патронимический суффикс -ов. В буквальном смысле Кожухаров — «сын Кожухара». Фамилия фиксируется в разных регионах, но особенно характерна для южнорусских и украинских земель, где слово «кожух» было в ходу чаще, чем в северных говорах (там предпочитали «тулуп» или «шуба»). В украинском языке «кожух» — общеупотребительное название овчинного полушубка, поэтому фамилия Кожухаренко (с украинским суффиксом -енко) встречается ещё чаще.

Обратим внимание на суффикс -ар в основе. В русских фамилиях он реже, чем -ник или -ец, и указывает на деятеля (ср. гончар, пекарь, бондарь). В сочетании с «кожух» он даёт редкую, но чёткую модель: человек, чья работа — кожухи. В сословном отношении Кожухаровы, скорее всего, происходили из ремесленников или крестьян, занимавшихся кожевенным промыслом. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — она осталась в простонародной среде.

Иногда фамилию ошибочно связывают с кожей как материалом и путают с Кожевниковыми. Но разница принципиальна: кожевник выделывал кожу, а кожухар изготавливал из неё готовую одежду. Это два смежных, но разных ремесла. В некоторых говорах «кожух» также означал «кожаную безрукавку» или даже «плащ», что не меняет сути: предок Кожухаровых был одёжным мастером.