Фамилия Кожуханцев — редкий пример, где словообразовательная модель спорит с основой. На первый взгляд, корень «кожух» ясен: кожух — это тулуп, овчинная шуба, а в старину ещё и верхняя одежда вообще. Отсюда легко предположить прозвище Кожух — человек, который носит кожух, шьёт его или торгует им. Но суффикс «-анцев» выдаёт нестандартную историю.

Обычно фамилии на «-ов» и «-ев» образуются от имени или прозвища отца: Кожухов — сын Кожуха. Кожуханцев же построен иначе. Суффикс «-ан(ец)» указывает на принадлежность к местности или группе: так появлялись арзамасец, коломенец, тулянец. Кожуханец — это не просто «сын Кожуха», а «житель Кожухова» или «выходец из Кожухов». То есть сначала существовало селение или урочище Кожухово, а его обитателей называли кожуханцами. Фамилия закрепилась за теми, кто оттуда вышел. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где топонимические фамилии на «-ец» встречаются чаще, чем на юге.

Вторая, менее вероятная версия — что «Кожуханцев» восходит к прямому прозвищу Кожуханец, данному человеку по сходству с кожухом (медлительный, грузный, «укутанный»). Но в ономастике прозвища с таким суффиксом редки: обычно «-ан» даёт уменьшительные или уничижительные формы (Кожухан — маленький кожух), а уже от них шла бы фамилия Кожуханов. Кожуханцев же явно топонимичен.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается — она относится к числу локальных и малочисленных. В современных базах данных Кожуханцевы встречаются в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о переселенцах из центральной России: люди, носившие прозвище по месту прежнего жительства, уходили на новые земли и сохраняли память о покинутой деревне в фамилии. Таким образом, предок Кожуханцевых был, скорее всего, крестьянином или ремесленником, который перебрался из села Кожухово в другое место, и его дети стали писаться по этому признаку.