Фамилия Кожунов — из числа тех, что произошли от прозвища, связанного с ремеслом или внешностью. В её основе лежит слово «кожа»: прозвище Кожун могли дать кожевнику, скорняку или торговцу кожаными изделиями. В старину на Руси кожевенное дело было одним из самых распространённых и уважаемых ремёсел, так что носитель такого прозвища, скорее всего, был человеком мастеровым. Не исключено и другое объяснение: Кожуном могли прозвать человека с очень смуглой, «кожаной» кожей или того, кто носил одежду из грубой кожи.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: Кожунов — буквально «сын Кожуна» или «принадлежащий Кожуну». Такая схема была особенно распространена в центральных и северных областях России, где фамилии на -ов составляют большинство.

Интересно, что однокоренные фамилии — Кожин, Кожевников, Кожухарь — имеют разную смысловую окраску. Кожунов стоит ближе к прозвищному ряду, где исходное слово не обязательно указывало на профессию, а могло быть чисто бытовой характеристикой человека. Например, в новгородских писцовых книгах XV–XVI веков встречаются люди с прозвищем Кожура — возможно, от той же основы.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель «прозвище + -ов» описывается как одна из древнейших и самых продуктивных. Фамилия Кожунов — её типичный представитель, несущий отпечаток русской простонародной ономастики, где за каждым прозвищем стояла живая деталь быта или внешности.

Таким образом, предки современных Кожуновых были либо ремесленниками-кожевниками, либо людьми, получившими меткое уличное прозвище за смуглость или любовь к кожаной одежде. Точного ответа, какая из версий верна, сегодня не даст никто, но обе они ведут в одну сторону — к простому и понятному миру русских ремёсел и народных имён.