Фамилия Кожунов образована от прозвища Кожун, в основе которого лежит нарицательное «кожа». Кожа — это наружный покров организма животного. Так и прозвище Кожун закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Кожунов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кожун, со временем получил фамилию Кожунов.