Фамилия Кожунков — это неочевидный случай, где за привычным звучанием скрывается редкая словообразовательная деталь. Если убрать суффикс -ов-, который в русских фамилиях чаще всего указывает на принадлежность («чей?» — сын Кожунка), то основа — Кожунк-. А это уже не просто «кожа» или «кожух», а уменьшительная форма от слова «кожун».

Слово «кожун» в русских говорах имело два значения. Первое — выделанная кожа, мех, иногда тулуп или шуба из овчины. Второе, менее известное — кожура, шелуха, то, что снимают с плода. В обоих случаях прозвище Кожунок мог получить либо человек, работавший с кожей — скорняк, шорник, либо тот, кто носил характерную одежду из овчины. Второе значение («шелуха») могло дать прозвище в ироничном смысле — так могли назвать худого или неопрятного человека.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -ок- в основе. В русских фамилиях он встречается реже, чем -к- или -ец-, и чаще всего указывает на конкретное лицо, а не на ремесло: Кожунок — это не просто «кожевник», а «тот, кто имеет отношение к кожуну». Такие формы типичны для северных и центральных областей России, где прозвища на -ок были особенно живучи. Фамилия Кожунков, таким образом, означает «потомок Кожунка».

По сословной принадлежности судить сложно: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, но могла быть и у крестьян, и у мещан. Встречаются похожие фамилии — Кожухов, Кожевников, Кожура, — но Кожунков стоит особняком из-за редкой основы. В дореволюционных записях фамилия фиксируется в основном в Тверской и Ярославской губерниях, что подтверждает её северное происхождение. Спорных версий здесь немного: альтернативная гипотеза о связи с тюркским «кожун» (племя, род) маловероятна — слишком далека фонетика и география бытования.