Фамилия Коженков — одна из тех, что хранит в себе память о роде занятий или характерной черте предка. В её основе лежит прозвище Кожа, восходящее к слову «кожа». Самый прямой и распространённый путь: предок носителя фамилии был кожевником — выделывал шкуры, шил из них обувь, упряжь или одежду. В старину кожевенное ремесло было и грязным, и прибыльным, а мастеров звали по продукту их труда — «Кожа», «Кожан», «Кожух». От этих прозвищ и пошли многочисленные фамилии: Кожевников, Кожанов, Кожухов, Кожин.

Однако Коженков стоит особняком. В ней есть редкий суффикс -енк-, который обычно встречается в украинских и белорусских фамилиях (Коженко, Коженок) и означает «маленький», «сын» или «младший». Русская форма на -ов могла закрепиться после переселения носителя в великорусские земли: украинца Коженка в документах записали как Коженков — то есть «сын Коженка». Такая модель типична для южнорусских регионов, граничивших с Украиной, — Курской, Воронежской, Белгородской губерний.

Есть и другая версия, менее очевидная. Прозвище Кожа могло дать не ремесленнику, а человеку с очень смуглой, «кожаной» кожей, либо тому, кто носил одежду из грубой невыделанной кожи. Но в крестьянской среде, где каждый кормился руками, ремесленная версия надёжнее.

Словообразовательная цепочка выглядит так: Кожа → Коженко (уменьшительное) → Коженков (русифицированная форма). Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах и списках служилого дворянства. Встречается она нечасто, но стабильно — в центральных и южных областях России, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.