Фамилия Коженкова — женская форма фамилии Коженков, а та, в свою очередь, образована от прозвища Коженок. Это прозвище — уменьшительная форма от «кожа». В основе лежит, скорее всего, профессия: Коженком могли назвать подмастерье кожевника, сына кожевника или человека, который работал с мягкой, выделанной кожей. В русских говорах слово «коженок» встречалось в значении «кожаный мешок» или «небольшое изделие из кожи», что тоже могло стать источником прозвища по роду занятий.

Словообразовательная модель здесь нестандартная: суффикс -енок (уменьшительный, как в «котенок», «утенок») перешёл в основу фамилии, а затем добавился патронимический суффикс -ов. Получилась цепочка: Коженок → Коженков → Коженкова. Это отличает фамилию от более прямых однокоренных — Кожевников, Кожин, Кожанов — где суффиксы другие и значения более очевидны.

Бытование фамилии сосредоточено в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Курской и Ростовской областях. Встречается она и в Беларуси, что указывает на возможное западнорусское происхождение прозвища.

Встречается версия, что фамилия связана с украинским «кожен» (каждый), но она маловероятна: суффикс -енок не характерен для украинских прозвищ, а сама фамилия Коженков фиксируется в русских переписных книгах XVII века, где «коженок» — именно профессия, а не местоимение. Так что ремесленная версия надёжнее.