Фамилия Коженов происходит от прозвища Кожен. В основе лежит слово «кожа» — не только наружный покров тела, но и материал, который с древности использовали для изготовления одежды, обуви, ремней и щитов. Прозвище Кожен могло указывать на профессию: кожевника, скорняка или торговца кожаными изделиями. Второй вариант — прозвище по внешности или характеру: так могли назвать человека с грубой, «толстокожей» кожей либо, напротив, с тонкой и чувствительной. Третья, менее очевидная версия — связь с диалектным словом «кожан» (летучая мышь), но это предположение слабее, так как суффикс -ен в прозвище указывает скорее на признак или профессию, чем на животное.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Кожен, чтобы указать на принадлежность — «сын Кожена». Встречаются однокоренные фамилии Кожин, Кожевников, Кожанов, но Коженов стоит особняком: прозвище на -ен встречается реже, чем на -ин или -ев, что делает фамилию менее распространённой, но более характерной для определённых регионов. По данным исторической ономастики, фамилия фиксируется в южнорусских и поволжских областях, где кожевенное ремесло было особенно развито. Сословной привязки нет: Коженовы могли быть и крестьянами, и посадскими людьми, и казаками — прозвище не несло социальной окраски, только бытовую или профессиональную.