Фамилия Кожененко звучит как типичная украинская, и это верное первое впечатление. Её выдает суффикс -енко, который в XVII–XVIII веках был главным маркером украинской фамилии, обозначая потомка или принадлежность («чей?» — Кожененко, то есть «сын Коженя» или «человек Коженя»). В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, этот суффикс не указывает на сословную принадлежность — его носили и казаки, и крестьяне, и мещане.

Основа фамилии — Кожен (или Кожень). Здесь возможны два пути происхождения, и оба правдоподобны, но один — почти наверняка основной.

Первый и самый прямой путь: прозвище Кожен мог получить кожевник, то есть человек, который обрабатывал кожу. В украинском языке слово «кожен» звучит так же, как и русское «кожан» (кожевник), но с характерным смягчением. Ремесленные фамилии в Украине — огромный пласт, и «кожевенные» прозвища встречаются повсеместно. Сравните с фамилиями Кожемяка, Кожухарь, Кожан. Если ваш предок выделывал шкуры, дубил кожу или шил из неё, его в быту и назвали бы Кожен. А его дети стали Кожененками.

Второй вариант, более редкий и спорный: основа могла пойти от имени Кожен как уменьшительной формы от канонического имени Косма (в просторечии Кузьма). В украинской народной традиции имя Кузьма нередко сокращали до Кузь, Кузя, но форма Кожен — это уже сильная трансформация, возможная, но не типичная. Скорее всего, если такая версия и имеет место, то она вторична: человека с именем Кузьма, который занимался кожевенным делом, прозвали по ремеслу, а не по имени.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкасщине, Киевщине, а также к югу России (Кубань, Ростовская область), куда в XIX–XX веках активно переселялись украинские крестьяне. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, один человек с прозвищем Кожен дал начало целому роду Кожененко в конкретном селе или хуторе.

Таким образом, Кожененко — это фамилия-ремесло. Она прямо говорит о занятии предка: он был кожевником, мастером по коже. Никакого тайного дворянского происхождения или вычурной этимологии здесь нет — только ясный профессиональный след, который ведет в украинское село XVIII века.