Фамилия Козипупенко с первого взгляда кажется шуточной или нарочито нелепой, но за ней стоит вполне конкретная и редкая словообразовательная модель. Это фамилия украинского происхождения, что сразу выдает суффикс -енко, который в Украине был основным патронимическим показателем (сын такого-то). В русском языке аналогом были бы фамилии на -ов/-ев, в белорусском — на -ич/-ович.

Сложность в корне. Фамилия составная. Первая часть — «коз» (от коза), вторая — «пуп» или «пупенко». Самая вероятная версия: перед нами не прозвище, а переосмысленная форма отчества. В основе могло лежать имя или прозвище Козьма (народная форма канонического Косма). В украинском языке имя Козьма звучало как Кузьма, но в некоторых говорах и при определенном произношении давало форму «Коз». Далее — отчество: сын Козьмы — Козьменко, которое в быстрой речи и под влиянием диалектов могло трансформироваться в Козипупенко. Похожий процесс мы видим в фамилиях вроде Козидуб или Козиненко, где корень «коз» не имеет отношения к животному, а восходит к имени.

Вторая версия, менее академичная, но более прозрачная — прозвищная. На Украине бытовали составные прозвища, описывающие внешность или повадку человека. «Козипупенко» могло означать «сын того, у кого пуп как у козы» (например, торчащий или необычной формы) или «сын того, кто козу пупает» (диалектное слово «пупать» — толкать, тыкать). Однако такие прозвища обычно фиксировались в более простой форме, без патронимического суффикса -енко.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где суффикс -енко был особенно распространен среди казачества и мещан. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного родоначальника в конкретном селе или хуторе. Сословно носители такой фамилии почти наверняка были казаками или крестьянами: составные прозвища с глагольной основой характерны для низовых слоев населения, а не для шляхты, которая предпочитала фамилии на -ский/-цкий.

Если ваш предок носил фамилию Козипупенко, ищите его корни в реестрах Запорожского войска или в метрических книгах Полтавской, Черниговской или Харьковской губерний. Скорее всего, его пращур был человеком с заметной внешностью или острым языком, за что и получил меткое прозвище, закрепившееся в роду.