Фамилия Козиенко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала самой распространённой в Поднепровье и Слобожанщине. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький», «сын» или «ученик», поэтому Козиенко — это буквально «сын Козия». А вот с основой «Козий» всё интереснее.

Самое прямое объяснение: Козий — это прозвище, образованное от слова «коза». В славянской традиции козу наделяли не самыми лестными чертами: упрямство, драчливость, своенравие. Прозвище Коза или Козий мог получить человек с бойким, неуживчивым характером, который постоянно «бодался» с окружающими. В некоторых говорах «козой» называли непоседу или того, кто носил бородку клинышком.

Есть и менее очевидная версия — от крестильного имени Козьма (Кузьма). В народном произношении имя нередко сокращалось до Козя, Козий, а форма Козиенко означала бы «Козьмин сын». Это типичная для Украины модель: ср. Даниленко (от Данило), Иваненко (от Иван). Однако для фамилии Козиенко версия с прозвищем кажется более вероятной — уж очень выразительный образ стоит за «козой».

Фамилия распространена в основном на территории Украины, особенно в центральных и восточных областях. В России чаще встречается на юге, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. Встречаются и варианты написания: Козеенко, Козієнко — но это скорее следы местных говоров и путаницы при записи.

С социальной точки зрения, Козиенко — фамилия, которая не принадлежала дворянству. Её носили казаки, крестьяне, мещане. В реестрах запорожских казаков XVIII века можно найти носителей похожих прозвищ, но конкретно Козиенко — продукт более поздней, уже фамильной фиксации.