Фамилия Козлохомадур — редкий случай, когда в основе лежит не одно слово, а целая фраза-прозвище. В ней отчетливо слышатся три части: «козел», «хоть» и «мадур». Последнее слово — искаженное «мадур», то есть «мудр» или «мудрый». Таким образом, исходное прозвище звучало как «Козёл хоть мадур» — «Козёл, хоть и мудрый». Это типичная для русской народной традиции насмешливая характеристика: человека дразнили за внешнее сходство с козлом (упрямство, борода, бодливость), но с оговоркой, что он при этом умен. Прозвище закреплялось за крестьянином или ремесленником, который совмещал несовместимые, на взгляд окружающих, черты.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия не имеет суффикса -ов, -ин или -ский, а представляет собой застывшее прозвище в чистом виде. Такие фамилии — «Козлохомадур», «Безобразов», «Дурново» — обычно давали не по отцу, а по личной кличке, которая переходила к детям без изменений. Это указывает на то, что фамилия оформилась не в центральных губерниях, где преобладали патронимические суффиксы, а скорее на юге России или в казачьих областях, где прозвища часто оставались в исходной форме.

Вторая часть — «мадур» — выдает южнорусское или украинское влияние. В литературном русском языке «мудрый» звучит иначе, а форма «мадур» (с ударением на последний слог) характерна для говоров Черноземья, Кубани и Дона. Это сужает географию происхождения фамилии: скорее всего, предки носителей жили в Курской, Воронежской губерниях или на землях Войска Донского. Встречается фамилия и сейчас крайне редко, в основном в тех же регионах и у потомков переселенцев.

Споров о происхождении немного. Самая правдоподобная версия — именно прозвище-фраза. Альтернативная гипотеза, что «Козлохомадур» — это тюркское имя, разбитая на русский лад, не выдерживает критики: ни один тюркский язык не дает правдоподобной расшифровки, а три слога четко складываются в русскую идиому. Так что перед нами редкий образец народного юмора, застывшего в фамилии.