Фамилия Козоырь — редкий случай, когда написание вводит в заблуждение. Скорее всего, перед нами не опечатка, а историческое отражение произношения: в говорах, где «ы» звучит твёрже, фамилия Козырь могла закрепиться на письме как Козоырь. Но исходная форма всё же Козырь.

Основа фамилии — прозвище «козырь». В старину так называли не карточную масть, а человека задиристого, бойкого, умеющего «козырять» — то есть хвастаться, задаваться или ловко выходить из трудного положения. В словаре В. Даля «козырь» — это ещё и «видный, осанистый человек», а в некоторых диалектах — «господин, начальник». Прозвище могли дать как задире, так и удачливому, уважаемому человеку.

Фамилия образована по древней беспатронимической модели: прозвище без суффикса просто перешло в фамилию. Такие случаи (Козырь, Козоырь) характерны для украинской и южнорусской традиции, где не добавляли -ов/-ев или -ин. Это указывает на возможное происхождение рода из Черниговской, Полтавской или Курской губерний, где «козырь» как фамилия встречается с XVII века.

Интересная деталь: в реестрах Запорожского войска середины XVII века упоминаются казаки с прозвищем Козырь. Это подтверждает, что фамилия могла возникнуть в военной среде, где ценились смелость и хитрость — те самые качества, которые подразумевало прозвище.

Вариант Козоырь, вероятно, результат местного аканья или просто неграмотной записи в метрических книгах. В любом случае, фамилия звучит как архаичное, почти былинное прозвище — от человека, который не лез за словом в карман и умел постоять за себя.