Фамилия Козубанова — женская форма, а мужская, Козубанов, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + суффикс -ов. Однако сама основа — Козубан — неочевидна и заставляет покопаться в диалектах и прозвищах.

Скорее всего, в основе лежит слово «козуб» — в южных и западных говорах так называли корзину, плетёный кузов, лукошко. Человек, который плёл корзины или торговал ими, мог получить прозвище Козуб. Уменьшительная или пренебрежительная форма — Козубан (как «мал» → «малан», «горб» → «горбан»). Тогда Козубанов — буквально «сын Козубана», то есть потомок корзинщика. Это ремесленное прозвище, а не прозвище по внешности, что вполне обычно для крестьянской среды.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В украинском языке «козубан» может быть производным от «козуб» в значении «скупой, прижимистый человек» — образ человека, который «всё в свой козуб (корзину) гребёт». Но эта версия слабее: прозвища по жадности обычно звучат грубее и прямее (Жадина, Скупердяй), а «козубан» скорее указывает на конкретное занятие.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине — регионам, где слово «козуб» было в ходу. Встречается она нечасто, и это не случайно: прозвища по ремеслу, вышедшему из обихода, обычно дают малочисленные фамилии. Родовой суффикс -ов указывает, что фамилия оформилась в среде великорусского служилого или крестьянского сословия не позднее XVII–XVIII веков, когда фамилии на -ов стали нормой для большинства непривилегированных слоёв.

Интересная деталь: при разборе фамилии легко спутать её с тюркскими корнями (например, «козу» — ягнёнок по-тюркски), но суффикс -ан в русских прозвищах работает иначе. Козубан — чисто славянское образование, без примеси восточных языков. Так что предки носителя фамилии, скорее всего, были русскими или украинскими крестьянами, корзинщиками, жившими в лесистой местности, где плели кузова для ягод и грибов.