Фамилия Козубаев образована по тюркской модели с суффиксом -ев, который в русской среде закрепился за нерусскими основами. В отличие от славянских фамилий на -ов, где суффикс указывает на «сына» или «принадлежность», здесь он присоединился к уже готовому тюркскому имени или прозвищу Козубай. Основа состоит из двух частей: «козу» (в тюркских языках — ягнёнок) и «бай» (господин, богач, хозяин). Имя Козубай буквально означает «ягнёнок-богач» или «хозяин ягнят» — типичное для кочевых народов составное имя, где вторая часть подчёркивает статус, а первая — ласковую или тотемную характеристику.

Такие имена были распространены у башкир, татар, казахов и ногайцев. В ономастике это пример «патронимической» фамилии, но не в славянском, а в тюркском смысле: Козубай — личное имя, а Козубаев — «из рода Козубая». Встречается фамилия преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и среди казахского населения приграничных районов. В русских документах XIX века такие фамилии фиксировались у тептярей и башкир-вотчинников, которые переходили на оседлость и получали фамилии по именам отцов.

Интересная деталь: в некоторых говорах казахского языка «козу» означает не только ягнёнка, но и детёныша вообще, а в переносном смысле — младшего, неопытного. Поэтому Козубаем могли назвать младшего сына в семье, который, несмотря на возраст, уже имел свой скот и хозяйство. То есть прозвище могло быть не ласкательным, а социально-возрастным.

В отличие от похожей фамилии Козуб (украинская, от «козуб» — корзина), Козубаев не имеет славянских корней. Путаница возникает из-за созвучия, но этимологически это разные линии: одна тянется к овцеводству и тюркской знати, другая — к плетению и быту. Если ваш предок носил фамилию Козубаев, почти наверняка он происходил из тюркоязычной среды, где имя давали по хозяйственному признаку или по старшинству среди братьев.