Фамилия Козубов происходит от прозвища Козуб, а оно, в свою очередь, восходит к украинскому слову «козуб» — лукошко, корзина. Скорее всего, прозвище было профессиональным: предок носителя фамилии занимался плетением и продажей корзин. Такая модель образования фамилий — от названия ремесла — одна из самых распространённых в восточнославянской ономастике.

Фамилия Козубов образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын Козуба». Интересно, что сама основа «козуб» — украинского происхождения, а суффикс — русский. Это говорит о том, что фамилия могла сложиться на стыке двух культурных традиций, в регионах, где украинские говоры соприкасались с великорусскими. Встречается она в основном на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также на востоке Украины.

Слово «козуб» в украинском языке имеет и переносное значение: так могли назвать человека невысокого роста или с несуразной фигурой, напоминающей кривоватое лукошко. Однако профессиональная версия происхождения выглядит правдоподобнее: прозвища по роду занятий давали чаще, чем по случайному внешнему сходству. В пользу этого говорит и то, что в старых переписных книгах встречаются записи о людях с прозвищем Козуб — вероятно, корзинщиках, чьё ремесло было востребовано в крестьянском хозяйстве.

Фамилия Козубов не относится к числу дворянских или распространённых в высших сословиях. Как и большинство «ремесленных» фамилий, она бытовала в крестьянской и мещанской среде. В современной России она остаётся относительно редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носитель этой фамилии, с высокой вероятностью ваши предки происходят из южнорусских или украинских земель.