Фамилия Козубская (или Козубский) образована от прозвища Козуб. Слово «козуб» в украинском языке означает лукошко или корзину, сплетённую из лыка или прутьев. Скорее всего, прозвище относилось к роду занятий: предок носителя фамилии мог быть корзинщиком — мастером, который плёл и продавал такие изделия.

Суффикс -ский указывает на типичную для польской, украинской и западнорусской традиции модель образования фамилий. Первоначально такие фамилии закреплялись за шляхтой или духовенством, но к XIX веку распространились и среди крестьянства. Козубский — не исключение: прозвище Козуб, закрепившись за главой семьи, со временем превратилось в наследственное имя, которое в документах записывали уже с «дворянским» окончанием.

Стоит отметить, что в русских говорах слово «козуб» тоже встречалось — им называли берестяной короб или лукошко для ягод. Однако именно украинская огласовка корня (с буквой «з», а не, скажем, «с») указывает на юго-западное происхождение фамилии. На территориях современной Украины и Беларуси фамилия встречается чаще, чем в северной России.

Если говорить об альтернативных версиях, то иногда Козубского связывают с диалектным «козуб» — горбатый, сутулый человек. Но это маловероятно: в большинстве источников основное значение слова именно «корзина», а прозвища по ремеслу в крестьянской среде были куда распространённее, чем по внешности.