Фамилия Козубовский образована по польско-украинской модели с суффиксом -овский/-евский, который указывает на дворянское или шляхетское происхождение, либо на принадлежность к географическому объекту. В основе лежит слово «козуб» — так в юго-западных говорах называли корзину, кузов или лукошко, сплетённое из лыка или прутьев. Прозвище Козуб могли дать корзинщику, торговцу, который носил товар в кузове, или человеку с характерной осанкой, напоминающей сгорбленную спину под ношей. Реже связывают с диалектным «козуб» — улей-дуплянка, что указывало бы на бортника.

Сам суффикс -овский типичен для фамилий польской шляхты и украинской старшины, которые часто брали фамилию по названию имения или местечка. Теоретически могло существовать село Козубово или Козубовка, от которого и пошла фамилия. Однако документальных подтверждений конкретного топонима нет — вероятнее, фамилия образована напрямую от прозвища, а суффикс лишь придал ей «благородное» звучание. В XVIII–XIX веках такую форму часто давали семинаристам при поступлении в духовные училища, заменяя простонародные фамилии на более звучные.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Козубо́вский, хотя в польском варианте возможно ударение на третьем.

Фамилия встречается в основном на западе Украины, в Беларуси и в восточных воеводствах Польши. В России носители Козубовского — это, как правило, потомки переселенцев с этих территорий. Родственные фамилии того же корня, но с разными суффиксами: Козуб, Козубенко, Козубов. Разница в окончаниях отражает социальный статус предков: простые крестьяне оставались Козубами или Козубенко, а те, кто получил образование или вошёл в привилегированное сословие, становились Козубовскими.