Фамилия Козубенко происходит от прозвища Козубый. Так могли называть человека с чем-то отличными зубами. В то же время, такое прозвище мог получить человек за какие-то черты характера. В результате, потомки человека, обладающего прозвищем Козубый, со временем получили фамилию Козубенко. Так, фамилия Козубенко ведет свое начало от прозвища Козуб. Прозвище Козуб, скорее всего, относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность человека. Оно восходит к аналогичному украинскому слову «козуб», которое имеет значение «лукошко, корзина». Поэтому вполне вероятно, что основатель рода Козубенко занимался плетением корзин или их продажей. Позже прозвище Козуб, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.