Фамилия Козубенко образована по типичной для украинских и южнорусских земель модели: к основе прозвища или имени прибавлялся суффикс -енко, который первоначально означал «маленький», «сын» или «потомок». То есть Козубенко — это буквально «сын Козуба» или «потомок Козубого». В XVII–XVIII веках такие фамилии массово закреплялись на Левобережной Украине, а затем вместе с переселенцами распространились на Кубань и Дон.

Что касается самой основы — Козуб, — здесь возможны два совершенно разных объяснения, и оба имеют право на существование.

Первое: прозвище Козубый. В диалектах «козубый» — тот, у кого зубы торчат вперёд, как у козла, или редкие, кривые. Сравните с диалектным «козубатый» — щербатый, с неровными зубами. Прозвище могли дать по заметной внешней примете — необычным зубам. Такие «портретные» фамилии в народной среде были распространены не меньше, чем профессиональные.

Второе: Козуб как название предмета. В украинском языке «козуб» — это лукошко, корзина, сплетённая из лыка или прутьев. Слово родственно древнерусскому «козобъ» и польскому kożub (короб). В этом случае прозвище давали корзинщику — человеку, который плёл корзины или торговал ими. Это «профессиональное» именование, и оно ничуть не менее вероятно, чем первое.

Какая версия правдоподобнее? Точного ответа нет, потому что письменных источников, где бы Козуб фигурировал как прозвище конкретного человека, сохранилось мало. В реестрах запорожских казаков и переписных книгах XVII века встречаются отдельные носители фамилий Козуб, Козубенко, Козубский, но без пояснения, за что дано имя. Оба корня — и «зубастый», и «корзинщик» — одинаково реальны для того времени. Возможно, фамилия возникла не в одном роду, а в разных местах независимо, каждый раз по своему поводу.

Таким образом, фамилия Козубенко — типичный пример украинской патронимической фамилии, которая могла произойти как от внешней черты предка (Козубый), так и от его ремесла (козуб — корзина). Дополнительную путаницу вносит то, что в некоторых говорах «козуб» означало также «неуклюжий человек» или «скряга», но эти значения менее документированы.