Фамилия Козубовы образована от прозвища Козуб, а оно, в свою очередь, восходит к украинскому слову «козуб» — лукошко или корзина. Это типичный пример «профессионального» именования: так могли назвать мастера, который плел и продавал корзины. Прозвище закрепилось за человеком, а его дети и внуки стали Козубовыми — то есть потомками того самого Козуба.

Фамилия построена по самой распространенной в русском языке модели: основа + суффикс -ов (Козуб-ов). Суффикс указывает на принадлежность («чей?»), поэтому буквально Козубов означает «сын Козуба». Такая схема в XV–XVII веках вытеснила более древние формы именований по отцу, и к XVIII-XIX векам фамилии на -ов стали доминирующими в центральной России и на юге.

Хотя слово «козуб» — украинское по происхождению, фамилия Козубов встречается не только на Украине, но и в русских регионах, особенно в Белгородской, Курской и Воронежской областях — на территории исторической Слобожанщины, где украинское и русское население веками жило рядом. Там диалектное слово могло легко стать прозвищем, а затем и фамилией.

О точном времени возникновения фамилии Козубов сейчас сказать сложно — процесс формирования фамилий у крестьян и мещан затянулся до середины XIX века. Но сама модель образования и корень указывают на то, что перед нами не случайное заимствование, а живое прозвище, данное по занятию или характерной черте. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имен (Иванов, Петров), Козубов хранит память о ремесле предка — простом и повседневном, без которого не обходилось ни одно хозяйство.