Основой фамилии Козушкин послужило мирское имя Козушка. Скорее всего, фамилия Козушкин происходит от нецерковного имени. Давая младенцу такое имя, как Козушка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного мира. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Козушка, со временем получил фамилию Козушкин.