Фамилия Козушкина — женская форма, а её мужской вариант Козушкин образован по простой и прозрачной модели: от прозвища или имени Козушка с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду: «чей?» — Козушкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Козушка. Сама основа — уменьшительно-ласкательная форма от слова «коза». В русских говорах и в старину «козушкой» могли называть не только маленькую козу, но и человека с определёнными чертами характера или внешности.

Чаще всего прозвище Козушка давали бойкому, непоседливому или упрямому человеку — по аналогии с повадками козы. В крестьянской среде, где фамилии начали массово закрепляться в XVIII–XIX веках, такие прозвища были особенно распространены. Реже основой могло послужить нецерковное имя Козёл или Коза, которое в древнерусской традиции давали для защиты от сглаза: считалось, что «плохое» имя отпугивает злых духов. Козушка в этом случае — его ласковый вариант, как Иванушка от Иван.

Стоит отметить, что фамилия Козушкин (и Козушкина) встречается нечасто и имеет чёткую региональную привязку. По данным современных исследований русских фамилий, она характерна для центральных областей России, особенно для Тверской, Ярославской и Костромской губерний. В этих местах слово «козушка» могло бытовать как диалектное название козы или как прозвище, связанное с местным фольклором. В отличие от более массовых фамилий вроде Козлов, Козин или Козловский, Козушкин сохраняет уменьшительный оттенок, что может указывать на более личное, семейное происхождение — возможно, от прозвища конкретного предка, которое не успело стать общеупотребительным.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда Козушкина ошибочно связывают со словом «кузнечик» (через диалектное «козявка»), но это натяжка: основа «коз-» здесь исходная, а суффикс -ушк- однозначно уменьшительный. Таким образом, носительница фамилии Козушкина может считать, что её предок был либо живым, подвижным человеком, либо носил «обережное» имя, либо просто держал коз — в любом случае, корень фамилии лежит в бытовой, деревенской жизни, где прозвища давали метко и без затей.