Фамилия Козушкины образована от имени-прозвища Козушка. Это уменьшительная форма от слова «коза»: суффикс -ушк- в русских именах указывал на ласкательное или уменьшительное значение. В дохристианской Руси такие имена были распространены — родители нарекали ребёнка Козушкой, веря, что через имя к нему перейдут качества животного: выносливость, плодовитость, способность выживать в любых условиях. Человек с таким именем считался своим для природы, а значит, защищённым от злых сил.

Суффикс -ин в фамилии Козушкин — типичный русский патронимический показатель, означающий «чей?»: Козушкин — сын Козушки. Форма Козушкины — множественное число, обозначающее весь род или семью. Такая модель образования (основа на -а/-я + -ин) характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов.

По своему происхождению фамилия Козушкиных — крестьянская. В среде земледельцев и скотоводов прозвища, связанные с домашними животными, были особенно распространены: они указывали либо на род занятий (пастух, козопас), либо на внешность или характер человека (упрямый, как козёл; бойкий, как коза). Козушкой могли прозвать и невысокого подвижного человека, и того, кто держал много коз.

В отличие от многих «животных» фамилий, Козушкин встречается редко. Это объясняется тем, что основа Козушка — неканоническое имя, которое вышло из обихода после введения обязательных церковных имён в XVII–XVIII веках. Фамилия сохранилась в основном в центральных губерниях России, но точную географию её бытования проследить сложно: в дореволюционных переписях она фиксируется эпизодически.

Интересно, что у фамилии Козушкин нет «дворянской» ветви. В родословных книгах она не встречается — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия. Её носители, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а после отмены крепостного права — сельскими обывателями. Сегодня фамилия Козушкины остаётся редкой, что делает её ценным свидетельством народной традиции имянаречения.