Фамилия Козюченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала самой массовой в Поднепровье и на Слобожанщине. Суффикс -енко изначально означал «маленький» или «сын»: Козюченко — буквально «сын Козюка» или «маленький Козюк». Такие фамилии закреплялись за потомками человека, которого в округе знали по прозвищу Козюк.

Основа Козюк — это уменьшительная или уничижительная форма от слова «козёл». В украинских говорах козюком могли назвать упрямого, драчливого человека, либо того, кто носил бородку клином. Но есть и вторая версия: в некоторых диалектах «козюк» означало кожаный мешок или кисет, так что прозвище мог получить торговец, ремесленник по коже, либо просто неряшливый человек. Первая версия (от козла) правдоподобнее — она типична для прозвищной традиции, где для имени брали характерные черты поведения или внешности.

Фамилия Козюченко почти не встречается за пределами Украины и южных областей России. Основной ареал — Полтавская, Черкасская, Кировоградская области, то есть земли бывшей Гетманщины. Там фамилии на -енко в XVIII веке стали обязательными для казацкой старшины и мещан, а затем распространились на крестьян. Среди Козюченко могли быть и казаки, и крестьяне — сословная принадлежность по такой фамилии не определяется.

Если сравнивать с однокоренными, то Козюк — прямая основа, а Козюченко — именно патроним (отчество-фамилия). Интересно, что ударение в фамилии народное, разговорное — на второй слог: Козю́ченко, хотя по правилам украинского языка должно быть на первый: Ко́зюченко. Это типичная история для фамилий, которые жили в устной традиции дольше, чем в письменной.