Фамилия Крахоненкова — женская форма от Крахоненков, а та, в свою очередь, образована по распространённой в южнорусских и украинских говорах модели с суффиксом -енко. Суффикс -енко в XVI–XVII веках означал «маленький» или «сын такого-то» (ср. Иващенко — сын Ивашки). Позже он закрепился как фамильный, особенно на Левобережной Украине, в Белгородской, Воронежской и Курской областях. Так что предок носителя фамилии был, скорее всего, выходцем из этих земель.

Основа фамилии — Крахонен(к). В ней просматривается корень «крах-», который в русских говорах и украинском языке связан с глаголом «крахать» — ломать, крошить, издавать хруст. Отсюда же «крах» в значении «разорение, крушение». Но в прозвище Крахонен (или Крахонь) заложен не столько финансовый подтекст, сколько бытовая характеристика человека: так могли назвать кого-то хрупкого, сутулого, ломкого телосложения либо, наоборот, резкого в движениях, «ломающего» всё вокруг.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «крахонь» — так в некоторых регионах называли мелкую крошку, осколок, а также нечто ветхое и рассыпающееся. В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который занимался переработкой зерна, крупы или ломкой чего-либо (например, камня). Встречаются и однокоренные фамилии — Крахин, Крахов, Крахмалёв, но Крахоненков стоит особняком именно благодаря редкой основе на -он- и типично украинскому суффиксу.

Сословной принадлежности у фамилии нет: Крахоненковы могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами. В метрических книгах XIX века фамилия изредка встречается в Харьковской губернии и в Области Войска Донского. В советское время носители фамилии расселились шире, но основной ареал остался прежним — юг России и восток Украины.

Коротко: Крахоненкова — фамилия украинского или южнорусского происхождения, образованная от прозвища, связанного с ломкостью, хрупкостью или резкостью. Её редкость — не случайность, а следствие узкой диалектной основы и локального бытования.