Фамилия Крапитус — редкий случай, когда основа неочевидна, а суффикс выбивается из привычного ряда. В русской ономастике подавляющее большинство фамилий образуется суффиксами -ов, -ев, -ин, -ский. Формант -ус встречается гораздо реже, и чаще всего он указывает на искусственное происхождение: так оформляли фамилии в духовных училищах и семинариях, латинизируя русские или греческие корни.

Скорее всего, Крапитус — семинарская фамилия. Её могли дать ученику за какое-то качество или внешний признак. Основа «крапи-» прямо отсылает к крапиве. В народной традиции крапива — не только жгучее растение, но и символ назойливости, худобы, колкости или, наоборот, стойкости. Фамилии от названий растений в семинарской среде были обычным делом: ученику с острым характером или тощему, как жердь, могли присвоить «ботаническое» прозвище, а затем облечь его в латинскую форму с суффиксом -ус. Так Крапива превращалась в Крапитуса.

Существует и менее вероятная, но допустимая версия: фамилия могла возникнуть из прозвища Крапит, которое бытовало в западных и южных говорах. Глагол «крапить» означал «кропить, брызгать», а также «делать частым, мелким» (например, крапил дождь). В этом случае Крапитус — не растение, а человек, получивший прозвище за манеру речи, род занятий (брызгальщик, красильщик) или внешность в крапинку. Но семинарская версия выглядит убедительнее из-за типичного для искусственных фамилий суффикса.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — западные регионы бывшей Российской империи (Беларусь, Украина, западные губернии России), что тоже косвенно подтверждает семинарское происхождение: латинизированные фамилии чаще давали в духовных академиях Киева, Могилёва, Вильны. Носители фамилии Крапитус — почти наверняка потомки выходцев из духовного сословия, хотя со временем фамилия могла перейти и в крестьянскую или мещанскую среду.

С точки зрения словообразования, перед нами типичная «учёная» фамилия: к русской основе добавили латинский суффикс, чтобы придать ей книжное звучание. Прямых аналогов много: Капустин — Капустус, Травин — Травус, Огурцов — Огурцусс. Но Крапитус сохранился в более редкой, нестандартной форме, что делает его интересным объектом для локальных генеалогических поисков.