Фамилия Крайдуба — редкий случай, когда прозвище почти дословно перешло в фамилию, сохранив свою внутреннюю форму. Она сложена из двух частей: повелительного наклонения глагола «край» (от «кроить» — резать, отрезать) и существительного «дуб». Буквально — «крои дуб», то есть «руби дуб». Это так называемая «производственная» фамилия, образованная по модели глагольного повелительного наклонения (ср. Горицвет, Вертишейка, Скопидом). Такие прозвища давали людям по их ремеслу или характерному действию.

Самый вероятный сценарий: предок носителя фамилии был лесорубом или плотником, специализировавшимся на заготовке дубовой древесины. Дуб ценился за твёрдость и долговечность, шёл на строительство, кораблестроение, изготовление бочек. Прозвище «Крайдуба» могло закрепиться за человеком, который профессионально валил дубы, или за мастером, работавшим с дубом — например, бондарем или корабельным плотником. В говорах слово «кроить» имело и более широкий смысл — «рубить», «отсекать», так что «край дуба» — это «отсекающий дуб».

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Суффикс -а в конце (Крайдуб-а) — характерная черта украинских и белорусских фамилий, образованных от прозвищ-команд (например, Гуляйполе, Непийвода). В России такие фамилии встречаются реже и, как правило, в южных и западных областях, граничащих с Украиной. Встречается также вариант Крайдуб, без конечного -а, но он ещё более редок.

Фамилия не имеет отношения к слову «край» в значении «территория» или «граница». Это чисто глагольная форма, и попытки истолковать её как «край дуба» (в смысле «опушка дубравы») — народная этимология, не выдерживающая лингвистической проверки. В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении и невысоком социальном статусе основателей — скорее всего, это были крестьяне или ремесленники, чьё прозвище в итоге стало официальной фамилией.