Фамилия Кривогубченко — украинская по происхождению, что выдает суффикс -енко. В Украине и на юге России этот патронимический формант означает «чей-то потомок» или «сын». В основе фамилии лежит прозвище Кривогуб — человек с искривленной губой, возможно, из-за травмы или врожденной особенности. Такие прозвища были распространены в народе, их давали по внешним приметам без негативного оттенка, просто для узнаваемости.

Модель образования проста: прозвище Кривогуб + суффикс -енко. Буквально Кривогубченко — «сын Кривогуба». Первые носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, так как именно в этих сословиях украинский суффикс -енко массово закрепился в XVII–XVIII веках. В реестрах Войска Запорожского можно встретить похожие прозвища, но сама фамилия Кривогубченко встречается реже, чем, скажем, Кривоногов или Кривонос.

Фамилия несет в себе не только внешнюю примету, но и указание на родство. Если сравнивать с однокоренными — Кривогузов, Кривогубов — то украинская версия с суффиксом -енко подчеркивает именно сыновью связь, а не просто принадлежность роду. Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где такие прозвищные основы были особенно живучи. В России она встречается редко и, как правило, у потомков переселенцев с Украины.

Спорных версий происхождения нет: прозвище очевидно описательное, а суффикс стандартный. Единственный нюанс — звук «ч» в суффиксе: в украинском языке фамилия звучала бы как Кривогубенко (без «ч»), но на русской почве добавилась типичная для адаптации фамилий ассимиляция («губ» + «енко» перешло в «губченко»). Так что современная форма — результат приспособления к русскому произношению.