Фамилия Крошкин образована от мирского имени Крошка. В семьях ребёнка часто называли просто Крошка, и это имя закреплялось за ним на всю жизнь. Позже потомок человека по имени Крошка получил фамилию Крошкин — по модели, типичной для русских фамилий на -ин: от основ, оканчивающихся на -а/-я.

Мирские имена, в отличие от крестильных, давались не по святцам, а по домашнему обычаю. Крошка — ласкательное имя для младенца, которое подчёркивало его малость и беззащитность. В старых семьях такое имя могли дать и в качестве оберега: считалось, что если назвать ребёнка «маленьким», злые силы не обратят на него внимания.

Встречается и другая версия происхождения фамилии — от прозвища Крошка, которое могли дать взрослому человеку маленького роста или бедняку, чей достаток был «крошечным». Эта гипотеза менее правдоподобна: прозвища, указывающие на низкий рост, в русской ономастике чаще образовывали фамилии через суффикс -ов (Крошков, Малков), тогда как суффикс -ин характерен именно для имён на -а. Поэтому версия с мирским именем выглядит убедительнее.

Фамилия Крошкин встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в старых переписях Вологодчины и Костромской губернии. В этих регионах мирские имена сохранялись дольше, чем на юге, где раньше закрепились полные церковные формы.

Среди однокоренных фамилий — Крошков, Кроша, Крошнин. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами, которые указывают на разную историю: где-то прозвище дали по внешности, где-то — по имени, данному в колыбели.