Фамилия Крушайтес — случай почти уникальный для русского ономастикона. Она не вписывается в привычные модели с суффиксами -ов, -ин или -ский. Её окончание -айтис (или -айтес) — это литовский патронимический суффикс, соответствующий русскому «сын такого-то». Перед нами не русская, а литовская фамилия, записанная в русской транскрипции. В самой Литве она звучала бы как Krušaitis.

Основа — kruša. В литовском языке это слово означает «град» (атмосферное явление). Прозвище Круша (Kruša) могли дать человеку с крутым, резким характером, похожим на град, или же по какой-то внешней особенности. Реже, но возможно, что прозвище было связано с профессией или местом жительства, где часто случались градобития. Вторая версия, менее распространённая, возводит основу к глаголу krusti (становиться твёрдым, застывать) — тогда прозвище могло относиться к человеку крепкого сложения или упрямого нрава.

Появление такой фамилии в русском контексте — следствие исторического соседства и включения литовских земель в состав Российской империи. После разделов Речи Посполитой в конце XVIII века многие литовские крестьяне и шляхтичи получали паспорта с русифицированной записью их родовых имён. Так Krušaitis превратился в Крушайтес. Суффикс -айтис в русской передаче часто терял мягкость и писался как -айтис или -айтис, а в бытовом произношении мог сокращаться до -айтис.

Фамилия крайне редкая. В современных базах данных она встречается единично, преимущественно в Калининградской области и в Литве. Носители Крушайтес — это потомки литовских крестьян или мелкой шляхты, которые в XIX веке жили на территории бывшего Великого княжества Литовского. Сословной принадлежности по одной фамилии не установить: литовские фамилии на -айтис носили и крестьяне, и захудалые бояре.

Если искать аналоги в русском языке, то смысловой параллелью будет фамилия Градов или Градобоев, но по модели образования Крушайтес стоит особняком. Это не русская фамилия, а литовская, адаптированная кириллицей.