Фамилия Круусе — это почти наверняка прибалтийский след в русском ономастиконе. В исконно русских фамилиях сочетание «уу» нехарактерно, а окончание -е, а не -э, указывает на запись, сделанную ещё в имперский период, когда эстонские и латышские фамилии русифицировали на слух. Скорее всего, перед нами фамилия эстонского происхождения.

Разбираем основу. В эстонском языке слово «kruus» означает «гравий» или «щебень», а также «кружка» (заимствование из немецкого «Krug»). Фамилия Kruus (Круус) в Эстонии довольно распространена. Форма Круусе — это, вероятно, русифицированная запись эстонской фамилии с добавлением окончания, типичного для склонения в русском языке. Другая версия: это могла быть фамилия, записанная на немецкий манер (Kruuse), где окончание -е — это немецкое окончание, которое потом закрепилось в русских документах.

От чего именно образована фамилия, сказать сложно. Если от «гравия» (kruus), то предок мог жить на каменистой почве, работать в карьере или иметь прозвище по месту жительства. Если от «кружки» (kruus), то прозвище могло относиться к пивовару, трактирщику или просто любителю выпить. В ономастике Прибалтики прозвища по предметам быта и ремеслам — обычное дело.

Поскольку фамилия редкая для России, её носители, скорее всего, — потомки эстонских или, реже, латышских крестьян, переселившихся в губернии Российской империи (например, в Псковскую, Санкт-Петербургскую или в Сибирь во время Столыпинской реформы). Запись фамилии через двойное «у» и с окончанием «е» — это не ошибка, а точная фиксация эстонского произношения русским чиновником.