Фамилия Крышкина — одна из тех, где прозвище оказалось на редкость многозначным. В её основе лежит слово «крышка» — вещь, казалось бы, бытовая, но в народной речи у неё было несколько смыслов, далёких друг от друга.

Самое прямое значение — «то, чем накрывают». Отсюда первая версия: прозвище Крышка могли дать человеку, который шил или продавал верхнюю одежду. В некоторых говорах «крышкой» называли дешёвую рогожу, которой купцы покрывали товар в обозах. Тогда носитель прозвища мог быть торговцем или извозчиком, укрывавшим кладь.

Но есть и менее очевидный вариант. В народном календаре «крышками» называли Дмитриеву родительскую субботу — день поминовения усопших. Название пошло от обычая покрывать могилу ризой или полотенцем. В таком случае прозвище Крышка мог получить устроитель поминальных обрядов — человек, следивший за порядком на кладбище или в церкви.

Фамилия образована по простой модели: прозвище Крышка плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на «сына Крышки». В документах фамилия встречается в центральных и южных регионах России, где слово «крышка» бытовало в обоих значениях.

Сравните с однокоренными фамилиями: Крышкин, Крышечкин, Крышков — все они восходят к той же основе, но различаются суффиксами, что говорит о независимом возникновении в разных семьях.