Фамилия Крыскина образована от прозвища или мирского имени Крыска. В русской традиции дохристианские имена, связанные с животными, были обычным делом — их давали детям как оберег, чтобы злые силы не позарились на «неценное» дитя. Крыска в этом ряду стоит рядом с именами Жук, Кот, Собака и другими. Вероятно, предок носителя фамилии получил такое прозвище за внешнее сходство с этим зверьком: маленький рост, юркость, подвижность, либо за особое отношение к мышам — например, за умение их ловить или травить.

С точки зрения словообразования фамилия относится к типичной модели на -ин. В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Крыскин, то есть сын Крыски. Такие фамилии чаще всего возникали в северных и центральных землях России, где притяжательные формы на -ин были особенно распространены. В южных и западных регионах аналогичную роль играл суффикс -енко.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с профессиональным прозвищем Крыска — так могли называть охотника на крыс или человека, торговавшего крысиным ядом. Однако в крестьянской среде такие узкие ремёсла редко становились основой для устойчивого прозвища, поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Встречается фамилия Крыскина преимущественно в европейской части России, особенно в Поволжье и центральных областях. Это не дворянская, а крестьянская или мещанская фамилия — её носители в большинстве своём принадлежали к податным сословиям. В дореволюционных переписях и метрических книгах Крыскины нередко записаны как государственные крестьяне или однодворцы.