В его основе, скорее всего, лежит эстонское слово krunn, которое переводится на русский язык как «узел, пучок (волос)». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище отражало особенности внешности предка (вероятно, он собирал волосы в пучок). Не исключено также, что прозвище Крюнер могло относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека (основатель рода мог быть цирюльником). Согласно другой гипотезе, фамилия Крюнер ведет свое начало от названия деревни Крюнеры, распложенной в Польше (в районе города Бриг). В таком случае возможно, что родоначальник фамилии Крюнер родился в этих местах или состоял здесь на службе.