Фамилия Крюнер — одна из тех, что не укладывается в простую схему «отчество от имени». Её происхождение вызывает споры, и на то есть веские причины. В основе, скорее всего, лежит эстонское слово krunn, которое переводится как «узел» или «пучок (волос)». Если это так, то прозвище Крюнер могло отражать особенность внешности предка — например, он носил длинные волосы, собранные в пучок. Но не исключён и другой, «профессиональный» поворот: тем же словом могли назвать цирюльника, который с такими пучками работал. Так что версия с ремеслом здесь ничуть не слабее внешностной.

Но есть и третья гипотеза, которая уводит нас в географию. Фамилия могла произойти от названия деревни Крюнеры в Польше, в районе города Бриг (ныне Бжег). В таком случае родоначальник получил фамилию по месту рождения или службы — типичная для Европы модель, когда крестьянин или солдат становился «тем самым из Крюнеров». Спор между этими версиями не решён, и, скорее всего, разные ветви рода Крюнер возникли независимо: одни — от прозвища, другие — от топонима.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ер характерен для немецкого и скандинавского ареалов, что указывает на вероятные контакты носителей с балтийскими немцами или шведами. В русском контексте фамилия Крюнер — редкий гость, она не вписывается в привычную парадигму на -ов или -ин. Это сразу говорит о том, что её носители, скорее всего, имели иноязычные корни или жили в регионах смешанного населения — например, в Прибалтике или на западе бывшей Российской империи.