Фамилия Крюнина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Крюнин. Строится она по простой и распространённой модели: к основе мужской фамилии добавляется окончание -а, указывающее на принадлежность женщине (дочери или жене). Сама же фамилия Крюнин образована с помощью патронимического суффикса -ин, который в русской традиции означает «чей?» — то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Крюня.

Корень здесь — Крюн-. Скорее всего, это усечённая или обиходная форма от полного имени или прозвища. Самое прямое объяснение: Крюня — это вариант имени Кронид (довольно редкое греческое имя, означающее «сын Кроноса», то есть Зевса). В народной среде длинные и сложные имена часто сокращали до простых и звучных форм: Кронид превращался в Кроню, а затем и в Крюню. Такое стяжение — не редкость: так, например, Аполлон становился Аполей, а Пантелеймон — Пантелей.

Есть и другая, более бытовая версия: от слова «крюк» или «крючок». В этом случае Крюня — прозвище человека сутулого, сгорбленного (как бы «скрюченного») либо того, кто постоянно что-то «зацеплял» — в прямом или переносном смысле (например, сварливого, придирчивого человека). Однако эта версия менее вероятна, поскольку в русских говорах форма «крюня» для обозначения человека не зафиксирована, тогда как уменьшительные формы от канонических имён — явление массовое.

Географически фамилия Крюнин (и, соответственно, Крюнина) встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Там, где до XX века сохранялись архаичные формы имён и прозвищ, такие фамилии встречались чаще, чем в южных регионах.

Таким образом, предки носительницы фамилии Крюнина, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а сама фамилия восходит к личному имени Крюня — народной форме церковного имени Кронид. Это редкий случай, когда за простым, на первый взгляд, прозвищем стоит древнегреческое имя, пришедшее на Русь вместе с христианством.